L’évaluation des incidences est fondé sur l’article 6 de la directive « Habitats, Faune, Flore » qui précise que « tout plan ou projet non directement lié ou nécessaire à la gestion du site mais susceptible d’affecter ce site de manière significative, individuellement ou en conjugaison avec d’autres plans et projets, fait l’objet d’une évaluation appropriée de ses incidences sur le site eu égard aux objectifs de conservation de ce site ».
En France la transposition de la directive européenne s’est traduite par l’élaboration de listes positives de projets fixant les activités soumises à évaluation des incidences Natura 2000.
Le dispositif mis en place distingue :
1. Les plans, projets, manifestations et activités relatifs à un régime d’encadrement administratif existant (autorisation, déclaration ou approbation) distinct de Natura 2000. Ces projets sont énumérés dans :
- une liste nationale définit par l’Article R414-19 du code de l’environnement
- une 1ère liste locale définit par l’Arrêté préfectoral du 24 mai 2011 complémentaire à la liste nationale et dont les modalités d’élaboration sont précisées par l’Article R414-20 du code de l’environnement
2. Les plans, projets, manifestations et activités relatifs à un régime d’évaluation propre à Natura 2000(ne relevant actuellement d’aucun régime d’encadrement administratif). Ces projets sont énumérés dans :
- une 2ème liste locale définit par l’Arrêté préfectoral du 9 mars 2012 à partir d’une liste nationale de référence établie parle décret 2011-966 du 16 août 2011 et dont les modalités d’élaboration sont précisées par l’Article R414-27 du code de l’environnement
3. Enfin, l’Article R414-29 du code de l’environnement précise les modalités d’application d’une mesure « filet » permettant à l’autorité administrative de soumettre à évaluation d’incidences un plan, projet, programme… qui ne figurerait pas sur une des trois listes précédente mais qui serait tout de même susceptible de porter atteinte aux objectifs de conservation d’un ou plusieurs sites Natura 2000.
L’évaluation des incidences concernent les projetscités aux différentes listes qu’ils soient :
- situés à l’intérieur d’un site Natura 2000,
- ou situés en dehors d’un site Natura 2000 s’ils sont susceptibles d’affecter le site de façon notable du fait de la distance, de la topographie, de l’hydrographie et du fonctionnement des écosystèmes, de la nature et de l’importance du programme ou du projet, des caractéristiques du ou des sites et de leurs objectifs de conservation.
Sont dispensés d’évaluation des incidences les activités ou travaux prévus par les contrats Natura2000 ou pratiqués dans les conditions définies par une charteNatura 2000.